محمدجعفر یاحقی، در سال ۱۳۲۶ در فردوس به دنیا آمد. وی تحصیلات ابتدایی و متوسطه خود را در شهر فردوس گذراند. در سال ۱۳۴۵، به قصد ادامه تحصیل به مشهد رفت و در سال ۱۳۴۶ با رتبهٔ اوّل در کنکور رشته ادبیات در دانشگاه فردوسی مشهد پذیرفته شد. پس از اتمام دوره لیسانس، در سال ۱۳۵۰ به عنوان رتبه اوّل در کنکور فوق لیسانس زبان و ادبیات فارسی دانشگاه مشهد پذیرفته شد. وی در سال ۱۳۵۴ با درجه ممتاز از پایان‌نامه خود دفاع کرد و به پیشنهاد دکتر غلامحسین یوسفی به عنوان مربی در بخش زبان وادبیات فارسی دانشگاه فردوسی استخدام شد. در همان زمان وی در دورهٔ دکتری زبان وادبیات فارسی دانشگاه تهران با رتبهٔ اوّل پذیرفته شده و هم‌زمان با تدریس در دانشگاه فردوسی، در دورهٔ دکتری دانشگاه تهران به تحصیل پرداخت. وی در سال ۱۳۵۹ از پایان نامهٔ دکتری خود در دانشگاه تهران با درجهٔ ممتاز دفاع کرد. در سال ۱۳۶۷ دانشیار شد و در سال۱۳۷۲ به مرتبهٔ استادی ادبیات فارسی ارتقا یافت. یاحقی از دی ماه ۱۳۸۱ مدیریت قطب علمی فردوسی‌شناسی وادبیات خراسان را به عهده گرفت.